Настройки сервера можно задать не только в конфиге. Для каждого отдельного сервера нельзя создать свой конфиг (даже из командной строки, используя +exec...), поэтому лучше прописать некоторые настройки прямо в командной строке. К ним относятся, например, имя хоста или название сервера. Если вы используете несколько портов, то, скорее всего, не захотите, чтобы все сервера назывались одинаково.